日本では、刑務所は何らかの法令に反する行為に及び（または状態に達し）、裁判の結果身体拘束を伴う刑罰（懲役、禁錮など）が確定し、その刑に服することとなった者を収容する施設のことをいう。日本では法務省の施設等機関とされ、同省矯正局（矯正管区）が所管している。
なお、医療的な処置が必要な者を収容するために設けられた刑務所を医療刑務所（いりょうけいむしょ）と呼び、2007年（平成19年）5月から開始されたPFI方式を採用して新設される刑務所は、「刑務所」に代えて「社会復帰促進センター（しゃかいふっきそくしんセンター）」と呼ばれる。また、重大な交通違反や交通事故を起こし、禁固または懲役の刑を受けた者を収容する刑務所を交通刑務所（こうつうけいむしょ）と呼ぶことがある
刑務所、少年刑務所及び拘置所を総称して「刑事施設」という。このうち、刑務所及び少年刑務所は、主として受刑者を収容し、改善更生、社会への円滑な復帰などを目的とするさまざまな処遇を行う施設であり、拘置所は、主として刑事裁判が確定していない未決拘禁者を収容する施設である。刑務所及び少年刑務所では、受刑者への指導を通じてさまざまな処遇を行っており、2006年（平成18年）現在、全国に67庁（その他にも若干の支所がある）が設置されている。
拘置所では主として勾留中の被疑者・被告人を収容し、これらの者が逃走したり、証拠を隠滅したりすることを防止するとともに、公平な裁判が受けられるように配慮すべきとされており、2006年現在では全国に東京拘置所など7庁が設置されている。なお、拘置所7庁の他に、全国の刑務所の下に「拘置支所」が多数置かれている。2006年現在、全国の刑務所、少年刑務所及び拘置所（それらの支所を含む。）においては約16,000人の刑務官が勤務している。
日本においては刑を執行する場所としての機能を有する。ここでいう刑とは、懲役、禁錮、拘留といった自由刑の者、罰金等の財産刑の判決を受けた者のうち、支払い能力がないために労役場留置となった者など身柄を拘束される処分を受けた者を指す。死刑判決を受けた者は刑務所には収容されることはなく、拘置所に収容され、刑の執行を待つこととなる。
刑務所に収容されると、刑務作業以外にも各種資格習得指導、薬物依存離脱指導、暴力団離脱指導といった矯正処遇を受けることになる。つまり、受刑者の社会復帰を助ける機能を有しているともいえる。
日本の刑務所は世界的にみてきわめて特殊な環境である。「男子受刑者への丸刈り強制」や「担当制」はその典型といえる。また、日本の刑務所は非常に少ない人員で運営を行っており、さらに、通常は施設警備隊以外の職員は警棒すら持たない完全な丸腰であるにも関わらず、暴動や脱走が極めて少ないという大きな特徴がある。それゆえ、徳島刑務所での暴動事件が与えた衝撃は一般人のみならず関係者に対しても大きかった。
情報公開についても積極的に進めようとしているようであるが、やはり刑務所が極めて閉鎖的かつ特殊な空間であるのは事実にはかわりはなく、各種法律等を根拠に受刑者は多くの自由（人権）が制限されるのだが、元受刑者や刑務官への取材、あるいは内部告発により、受刑者に対する必要以上の人権の制限が疑われる事例が多数報告されている。
職員については国家公務員という身分でありながら幹部職員以外はほとんど転勤がない。また、世襲が多いともいわれている。それゆえ、各施設ごとに職員間における施設文化はまったく違う。これは、外部と隔離された特殊な環境下における被収容者の心情を考えたとき、担当職員が何度も変わることがなく、仮に、担当が変わったとしても、それは所内異動であることがほとんどであるため、引き継ぎなどもスムーズに行える利点があると同時に、職員間にあっても閉鎖的な世界を作ってしまうため、陰湿ないじめや派閥の形成、不正の隠蔽工作が行われやすいという問題点もある。
また、ここ数年の公務員削減の波に反して、PFI施設4庁に加え、新たに増改築や新設予定の施設もあり、刑務官全体の数は増員されている。しかし、ここ数年の世代交代で、有能な幹部職員やベテランの一般職員の多くが定年退職を迎えており、その流れは当面続くと思われる。若手を指導する立場の優秀な職員が減っており、現場では処遇力の低下が問題視されている。
受刑者は刑事施設に収容されると、単独室（いわゆる独居房）と共同室（いわゆる雑居房）のどちらかに収容される。定員は、原則、単独室は1名、共同室は6名であるが、過剰収容状態の続く現在、多くの施設で単独室に2名を収容、共同室に8名を収容するといった状態が続いている。
平日の起床は午前7時前。施設によって若干の違いはあるものの、おおむね6時40分ころである。その後、開室点検（人員点呼等）を行った後朝食をとり、工場へ出役する。そして、刑務作業を行い、その間に、運動・面会・医務診察などがある。夕方、おおむね午後4時半前後に各居室へ戻り、閉室点検、夕食の配膳が行われ、食事後は余暇時間帯となる。午後7時ころからテレビが視聴できるが、大半は録画放送である。内容はバラエティや音楽番組、ドラマなど一般社会において視聴されているものと同じであるが、事前に検閲されており、受刑者の教育上ふさわしくないと判断された番組は放送されなかったり、事件と関連するシーンはカットされていたりする。ニュースはテレビの時間外にラジオで流れるが、これも検閲を受けており、一部カットされている場合がある。
なお、かつて行われていた全裸での検身（通称カンカン踊り）は現在ではほとんど廃止されており、実施している施設はごくわずかである。午後9時に就寝時間となって消灯されるが、完全に明かりが消えるわけではなく、読書できる程度の明るさが維持されている。この時間については読書を認めている施設と認めていない施設とで対応が分かれる。当然、認められていない施設では時間外読書となり、指導を受けることになる。
刑務作業は、木工・金工・紙工・縫製などの生産作業から、洗濯・炊場（被収容者の食事の支度）・水道・電気などの経理作業まで多岐にわたる。刑務所製品の即売会などで販売される商品を作る作業を「事業部作業」といい、外部の民間業者の製品を作る作業を「提供作業」という。刑務所における作業の大半は提供作業であり、その製品は身近な物も多数ある。他にも、自動車整備士等各種免許取得が可能な職業訓練、地域の学校と協力しての通信教育など懲役と一言でいっても、その作業・矯正教育の幅は非常に広く、社会復帰に向けての様々な工夫がされている。施設によっては、大手企業の第一線で活躍する職員（技能五輪チームなど）が中に入り、直接指導をしていたり、IT企業が出所後の採用を前提にプログラミングの訓練を行っていたりする場合もある。
土曜・日曜・祝日は免業日で原則的に刑務作業はないが、たまに残業や休日の作業もある。また、炊事・内掃などを担当している者については免業日がシフト制になっている。また、月に2日ほど、「矯正処遇日（旧教育的処遇日）」と呼ばれる日が指定されている。これは、平日ではあるが工場などでの作業を行わずに、矯正「教育」に当てるために作られた日であるのだが、ビデオ視聴や音楽鑑賞などをして1日を過ごしているのが実情であり、本来の目的が果たされているかは疑問が残る。
以下の流れは有期刑の場合である。
無期刑の場合は刑に終わりがないため満期釈放は不可能であるが[4]、現行法は無期刑にも仮釈放を認めているため、無期刑の受刑者に対しても、10年を経過した後、改悛の状などによって仮釈放を許すことができる（刑法28条）。ただし、実務上は、仮釈放が認められた無期刑受刑者は、近時では20年以上在所しているケース（2005年の仮釈放者の平均は27年2ヶ月）がほとんどである[5]。
なお、収容中に反則行為を起こした場合、その事実について調査の上、「懲罰」を受けることもある。「報奨金計算額の3分の1の削減」、「書籍等の閲覧停止」などいくつかの種類があるが、大半は一定の期間、単独室の中で正座で過ごす、いわゆる「閉居罰」を科されることになる。懲罰は刑罰ではなく「行政処分」なので懲罰によって刑期自体が延びることはないが、仮釈放の時期に大きな影響を及ぼす。
また、収容中に器物損壊などの刑罰法令に触れる疑いのある行為があった場合、所内で特別司法警察職員の指定を受けている職員が捜査し、検察庁に事件送致する場合がある。その場合、刑事事件として審理されるわけであるが、有罪判決が出れば、新たな刑を受けることになる。
2000年代に入り受刑者数が激増し、各刑務所では過剰収容が問題となった[2]。統計では犯罪発生数に目立った増加がないのに受刑者数が激増した理由として、オウム真理教事件や、犯罪報道の増加による国民の体感治安の悪化で厳罰化が進んだこと、景気の悪化で高齢者や障害者などの弱者が詐欺や窃盗を繰り返し、刑務所が福祉施設代わりになっていることが挙げられていた。
過剰収容対策として、既存施設の大幅な増改築や、ＰＦＩ施設４庁の新設により、収容定員を大幅に増やしたのだが、現在は受刑者総数が減った事もあり、現在のところ、全体で見れば全国刑事施設の総収容定員に対する収容率は１００％を下回っている。 しかしながら、これまでの過剰収容対策は、ＰＦＩ施設を中心とするＡ級受刑者に対する対策が中心のものであり、ＬＡ級施設、Ｂ級施設、女子施設については現在でも過剰収容状態が続いているため、ＬＡ級施設、Ｂ級施設、女子施設に対する重点的な過剰収容対策が必要であると思われる。
